studentvHall 0 Posted March 3, 2008 Hallo, Wij zijn 3 studenten aan het van Hall Larenstein en zijn op zoek naar de seqeuntie van de Cannabis Sativa. Heeft iemand enig idee waar we zouden kunnen beginnen met zoeken(bijv NCBI, Pubmed etc.) Bij voorbaat dank Quote Share this post Link to post Share on other sites
Buble 3 Posted March 3, 2008 Google,of zoekfuntie rechts bovenin En graag even voorstellen in het daarvoor bestemde forum Buble Quote Share this post Link to post Share on other sites
studentvHall 0 Posted March 3, 2008 (edited) Google is al gebruikt voor de zoekactie en de zoek knop op het forum ook. Edited March 3, 2008 by studentvHall Quote Share this post Link to post Share on other sites
Mad Scientist 6 Posted March 3, 2008 Sequentie als in...? De evolutie van Cannabis? Verklaar u nader... Quote Share this post Link to post Share on other sites
studentvHall 0 Posted March 4, 2008 Met de sequentie bedoel ik de volgorde van nucleotiden in een DNA- of RNA-molecuul of de volgorde van aminozuren in een eiwit. Quote Share this post Link to post Share on other sites
Mad Scientist 6 Posted March 4, 2008 Ah ja, vanzelfsprekend... Ik kom via Google vooral tegen betaling verkrijgbare proefschriften etc. tegen, zoals deze. Kijk ook eens onder de tabs van deze link. Volgens mij moet er online toch wel wat terug te vinden zijn hoor, maar je moet het eerder in Engelstalige documenten zoeken denk ik... Ik ben er totaal niet in thuis, dus excuses als ik de plank hier volledig mis sla. Succes met de zoektocht in elk geval! Quote Share this post Link to post Share on other sites
Snowy 1 Posted March 7, 2008 Ik ben er deze periode zelf mee bezig, net als de vorige periode ook aan het Van Hall Instituut.. de sequentie voor het genoom van Cannabis Sativa staat niet volledig op Internet, je zult dus losse genen uit de plant moeten zoeken die iets plant specifieks dragen. Als ik me niet vergis de modulen BioBits en Moleculaire detectie of niet?? Bedenk maar iets dat specifiek voor de cannabis plant is En zoek daarmee eens op NCBI/nucleotides of zoek gewoon goed op NCBI ik vond gelijk dit artikel je kan ook op een plantspeciefiek metabool zoeken zoals bijv de psychoactieve stof in de plant THC, en dan vervolgens de DNA sequentie die voor de synthese hiervan geldt link. Ik verwacht natuurlijk wel een eervolle vermelding in jullie werkstuk en doe de groeten maar aan M Bosmans en Anita in de witte jassen.. Ik hoop dat jullie er wat mee kunnen! Succes iig! Laters, snowie Quote Share this post Link to post Share on other sites
studentvHall 0 Posted March 12, 2008 (edited) Snowy bedankt (Y) Het is gelukt om primers te maken voor C sativa met vector NTI zonder hairpins etc etc. Ook is er mee geBLAST en hier kwamen positieve resultaten uit, namelijk 100% match met C sativa en geen enkel ander organisme. Primers zijn besteld dus nu wachten tot ze geleverd worden en dan PCR'en. Greets Edited March 12, 2008 by studentvHall Quote Share this post Link to post Share on other sites
weetje 826 Posted March 12, 2008 lukt het nou ook om een domme minilabber uit te leggen waar dit over gaat? Nou ja dat zal te complex zijn, en vertel;t snowy enigzins. maarre.. wat kun je met dergelijke uitslagen? Is het om stoffen te kunnen isoleren of synthetiseren? Als het jullie geheimpje is.... alle begrip... maar anders ben ik wel benieuwd naar het antwoord. groetels weetje Quote Share this post Link to post Share on other sites
LordQuas 0 Posted March 12, 2008 Volgens mij zijn het gewoon alle genen van de plant cannabis sat. achterelkaar? Alle basenparen als ik het juist heb? Zoiets als Human Genome Project. Quote Share this post Link to post Share on other sites
studentvHall 0 Posted March 12, 2008 (edited) lukt het nou ook om een domme minilabber uit te leggen waar dit over gaat?Nou ja dat zal te complex zijn, en vertel;t snowy enigzins. maarre.. wat kun je met dergelijke uitslagen? Is het om stoffen te kunnen isoleren of synthetiseren? Als het jullie geheimpje is.... alle begrip... maar anders ben ik wel benieuwd naar het antwoord. groetels weetje Basic Local Alignment Search Tool, or BLAST, is an algorithm for comparing primary biological sequence information, such as the amino-acid sequences of different proteins or the nucleotides of DNA sequences. A BLAST search enables a researcher to compare a query sequence with a library or database of sequences, and identify library sequences that resemble the query sequence above a certain threshold. Kortom met BLAST kun je dus een stuk "genetische code" oftewel sequentie laten vergelijken met een database waarin zeer veel organismen staan. Hij vergelijkt de sequentie met bijv het Human genome(ons DNA) en als daar een "gelijke treft" een stuk dat overeen komt dan geeft het een hit. Bij de BLAST die ik heb gedaan komt alleen C sativa uit dus kan je aannemen dat alleen de C sativa deze specifieke sequentie bevat waardoor je hem dus kan onderscheiden van andere organismen. Hoop dat het nu wat duidelijker is Volgens mij zijn het gewoon alle genen van de plant cannabis sat. achterelkaar? Alle basenparen als ik het juist heb? Zoiets als Human Genome Project. Nee hierbij heb ik specifiek gekozen voor het THC gedeelte omdat deze uniek is bij de C Sative waardoor je hem dus kunt onderscheiden van andere organismen. Ik heb een deel van de sequentie van THC(1824 basenparen) genomen namelijk 533 basenparen waarvoor ik bijpassende primers(is een klein stukje DNA of RNA dat gebruikt wordt als startpunt van de PCR (polymerase chain reaction) hebt gemaakt. Edited March 12, 2008 by studentvHall Quote Share this post Link to post Share on other sites
Mad Scientist 6 Posted March 12, 2008 Da's logisch natuurlijk... Quote Share this post Link to post Share on other sites
Snowy 1 Posted March 13, 2008 Goed, om het dus nog even wat beter uit te leggen.. De meeste forumgangers hier hebben namelijk nog nooit van PCR nog primer daarvoor gehoord. Het is dus wel iets dat enige toelichting nog verdient.. Geen probleem die geven we graag hoor, al denk ik dat Mad Scientist er al wel het een en ander van begrijpt.. Goed, het plaatje is dus het resultaat van de BLAST search die ze gedaan hebben. Deze speciale zoekmachine gebruik je om een stukje DNA of RNA en de code daarvan met een grote database te vergelijken (alle bekende sequenties van planten en dieren). De korte stukjes DNA of RNA die we dan vergelijken zijn de primers. De primers gebruik je als start positie voor de PCR reactie, de reactie waarbij het DNA door het enzym Polymerase gekopieerd word. [/url] De Polymerase Chain Reaction kort en schematisch weergegeven. In het schema kun je zien hoe de primer's aan de bijde complementaire strengen hechten en hoe van afdaar vervolgens het DNA gekopieerd word door het enzym Polymerase. De reactie word op verschillende tempraturen uitgevoerd omdat bij iedere tempratuur een ander proces plaats vind, je gaat hierbij meestal uit van zo´n 25 tempratuurs cycli om voldoende van je doel sequentie te kopieren. Waarvoor je de PCR gebruikt is aan de persoon zelf, zelf heb ik in het tweede jaar de PCR reactie ook gebruikt om een gen uit de E-coli te isoleren en vervolgens in een andere bacterie in te kunnen brengen de genetische manipulatie dus. Volgens mij gaat het er voor deze mensen in hun geval alleen om dat ze een product hebben op de gel: Nadat de PCR reactie uitgevoerd is kun je met behulp van de gel-electroforese kijken of het gelukt is je specifieke stukje DNA te kopieren. Bij gel-electrofore scheidt je de stukjes DNA op lengte. Het negatiefgeladen DNA word door een potentiaal verschil naar de positieve pool door de gel getrokken. Als je de gel hierbij voor je ziet als een netwerk van draden, kun je ook begrijpen waarom de stukken met een korte lengte in de zelfde tijd verder in de gel komen. Het foto´tje van de gel is gemaakt op een uv bak met speciale aan DNA hechtende kleuring van EtBr. De verschillende oplichtende bandjes die erop staan zijn de DNA fragmenten in de gel. Helemaal aan de linker kant staat bovenaan Lad, hiermee hebben we basenparenladder afgekort, simpelweg een soort liniaal op basis van een oplossing met daarin allemaal stukjes DNA van specifieke lengten (voor diehards een 1000Bp ladder was gebruikt). Daarnaast hebben we +1 en +2 staan waarmee we de positieve controles bedoelen, de primers en het stukje DNA hierin zijn puur om een goede werking van de PCR reactie te testen (al denk ik dat ik bij +2 het template DNA of het polymerase enzym zelf ben vergeten toe te voegen, meer uitleg volgt nu..) Daarnaast komt T1, T1 en T2 staan voor Template oftewel grondvlak zegmaar het basis DNA waar vanaf je gen of doel sequentie geísoleerd/gekopieerd moet worden. De DNA mengsels met de T kodering en erin dus het stukje DNA dat we wilden kopieren, waren in ons geval ook bedoeld voor verder gebruik bij de manipulatie in een later stadium. En daarnaast staan er ook nog de -1 en de -2 ofwel de negatieve controles om de zuiverheid van al je PCR mengsel componenten te testen..hier doe je namelijk alles behalve het template DNA in, waardoor er niets te kopieren valt..als het zuiver is tenminste Voorzover mijn verdere uitleg, ik gaat een uiltje knappen en als er morgen in jullie stoffige bolletjes nieuwe vragen opkomen zet ze maar neer.. het is geen eigen kennis, het is heerlijk om te delen Laters, Snowie Quote Share this post Link to post Share on other sites
